Obszar NGR obfituje w zwierzęta zamieszkujące różnorodne środowiska. Szczególne znaczenie ma Dolina Noteci będąca korytarzem ekologicznym dla roślin i zwierząt oraz miejscem bytowania licznych gatunków. Nadnoteckie łąki tworzące specyficzne środowisko dla ptaków lubiących otwarte, podmokłe przestrzenie.
Występuje tu ponad 20 gatunków ptaków ważnych dla Europy: batalion, bączek, bąk, bielik, błotniak łąkowy, błotniak stawowy, bocian biały, derkacz, dubelt, dzięcioł czarny, gąsiorek, gęś białoczelna, jarzębatka, kania czarna, kania ruda, kropiatka, łabędź czarnodzioby (mały), orlik krzykliwy, ortolan, podróżniczek, rybitwa czarna, świergotek polny, zielonka, zimorodek, żuraw. Dolina słynie wśród ornitologów z bogactwa ptaków a na toki batalionów zjeżdżają się obserwatorzy z dalekich stron.
Innym specyficznym środowiskiem są stawy rybne przyciągające ptaki żywiące się rybami takie jak czapla siwa i czapla biała, kormoran, ptaki drapieżne: kania ruda, orzeł bielik, rybołów. Nierzadkim gościem na stawach jest wydra i bóbr.
Lasy są schronieniem pospolitych saren, dzików, licznych jeleni. W okolicach Gontyńca żyje duża populacja danieli, w której trafiają się nawet czarne osobniki….W gminie Krzyż Wielkopolski od pewnego czasu zadomowiły się żubry, które spotkać możemy zarówno w lesie jak i na polu. Nowym przybyszem jest ryś – wypuszczony w pilskich lasach w ostatnim czasie. Coraz liczniejsze są wilki; jeszcze przed kilku laty uchodzące za gatunek wytępiony obecnie występują w każdym prawie większym kompleksie leśnym
