W Gminie Wieleń znajduje się duża ilość terenów objętych różnymi formami ochrony przyrody. Najcenniejsze z nich chronione są w ramach europejskiej sieci obszarów Natura 2000.

Obszar Natura 2000  Nadnoteckie Łęgi

Ostoja ptasia utworzona w celu ochrony krajobrazu i przyrody doliny dolnego biegu Noteci. Leży między miejscowością Wieleń, a ujściem rzeki Gwdy i zajmuje powierzchnię 16 058,10 ha, a jej szerokość waha się od ok. 500 m do 3,5 km. Pokrywają ją łąki zalewowe, torfowiska niskie, pośród których występują kanały i rowy odwadniające, niegdysiejsze koryta rzeczne oraz wypełnione wodą doły potorfowe. Ekosystem zależy od rocznego cyklu zmian poziomu wód. Licznie występują tu różnego rodzaju zakrzaczenia i zadrzewienia. Siedliska leśne stanowią obecnie ok. 4% powierzchni obszaru. Jest to ostoja ptasia o randze międzynarodowej, w której stwierdzono występowanie prawie 230 gatunków ptaków, z których występują co najmniej 23 gatunki z Załącznika I Dyrektywy Rady i 7-9 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi. W okresie lęgowym obszar zasiedla co najmniej 1% krajowej populacji podróżniczka, kulika wielkiego oraz w znacznej ilości występuje też bąk, bocian biały, dziwonia, derkacz, remiz, rybitwa czarna, rzeczna, zimorodek, czajka, wiele kaczek i perkozów, a w okresie wędrówek – tysiące osobników gęsi zbożowej i białoczelnej. Z gatunków drapieżnych, które mają tu swoje tereny łowieckie, spotyka się takie gatunki jak: bielik, kania ruda i czarna, myszołów, błotniak łąkowy i stawowy, pustułka, orlik krzykliwy. Spośród ssaków najważniejszym gatunkiem obszaru jest bóbr.

Obszar Natura 2000  Dolina Noteci

Obejmuje znaczną część doliny Noteci między miejscowościami Wieleń a Bydgoszczą. Obszar o powierzchni 47 658,0 ha, leżący na wysokości od 37 do 50 m n.p.m. Obszar jest w większości zajęty przez torfowiska niskie, pokryte zalewowymi łąkami i trzcinowiskami, z enklawami zakrzewień i zadrzewień. Teren przecinają liczne kanały i rowy odwadniające. Częste są starorzecza i wypełnione wodą doły potorfowe. Miejscami występują rozległe płaty łęgów. Łąki są intensywnie użytkowane. Wody śródlądowe (stojące i płynące) zajmują 2% obszaru, siedliska łąkowe i zaroślowe zajmują 85%, torfowiska, bagna, roślinność na brzegach wód – 2% powierzchni a siedliska leśne 6%. Siedliska rolnicze zajmują 5% obszaru. Obszar częściowo pokrywa się z ważną ostoją ptasią o randze europejskiej. Występują tu 22 gatunki ptaków z załącznika I Dyrektywy Ptasiej. Obszar obejmuje bogatą mozaikę siedlisk z załącznika I Dyrektywy Siedliskowej (11 typów), z priorytetowymi lasami łęgowymi i dobrze zachowanymi kompleksami łąkowymi. Notowano tu 8 gatunków z załącznika II Dyrektywy Siedliskowej. Ostoja jest ważnym korytarzem ekologicznym o randze międzynarodowej. W granicach ostoi utworzono: Obszar Chronionego Krajobrazu Dolina Noteci (13100 ha; 1989); 2 rezerwaty przyrody: Czapliniec Kuźnicki (5,45 ha; 1988), Łąki Ślesińskie (42 ha; 1975).

Występujące typy siedlisk starorzecza i naturalne eutroficzne zbiorniki wodne,zalewane muliste brzegi rzek,suche wrzosowiska),murawy kserotermiczne i ciepłolubne murawy ,górskie i niżowe murawy bliźniczkowe ,zmiennowilgotne łąki trzęślicowe,ziołorośla górskie i ziołorośla nadrzeczne ,łąki selemicowe ,niżowe i górskie świeże łąki użytkowane ekstensywnie,łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe ,olsy źródliskowe,kwaśne buczyny,żyzne buczyny,grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny,łęgowe lasy dębowo-wiązowo-jesionowe,ciepłolubne dąbrowy, Ważne dla Europy gatunki zwierząt (z Zał. II Dyr. siedliskowej i z Zał. I Dyr. Ptasiej, w tym gatunki priorytetowe): batalion, bączek     ,bąk, bielik, błotniak łąkowy, błotniak stawowy, bocian biały, boleń, bóbr europejski, czerwończyk fioletek, derkacz, dubelt, dzięcioł czarny, gąsiorek, gęś białoczelna, głowacz białopłetwy, jarzębatka, kania czarna, kania ruda, kropiatka, kumak nizinny, łabędź czarnodzioby, łątka turzycowa, orlik krzykliwy, ortolan, piskorz, podróżniczek, rybitwa czarna, świergotek polny, wydra, zielonka, zimorodek, żuraw    

Obszar Natura 2000  Dolina Miały

Obszar Dolina Miały ma ponad 6 km długości, leży na obszarze wydmowym Puszczy Noteckiej, między wsiami Miały i Mężyk. Po obu stronach rzeki Miały położone są lasy łęgowe, miejscami przechodzące w olsy. Równolegle do północnego brzegu rzeki położone jest jezioro Święte. Powierzchnia torowisk mszarnych wokół niego wynosi aż 27 ha. W granicach ostoi znajdują się również płytkie jeziora eutroficzne z szerokimi strefami szuwarowymi w otoczeniu łęgów olszowych. Są to jeziora: Wielkie, Małe, Księże i Bąd. Teren doliny Miały nosi wyraźne ślady przekształcenia w wyniku rozległego pożaru oraz następującej po nim eutrofizacji i zakłóceniu stosunków wodnych, które miały miejsce w latach 90-tych. Chronione są m.in.  aldrowanda pęcherzykowata oraz cenne siedliska – torfowiska nakredowe z kłocią wiechowatą. Aldrowanda występuje najliczniej w strefie przejściowej między zbiorowiskami szuwaru wysokiego, a torfowiskiem. Obszar wyróżnia się dużą różnorodnością siedlisk, najistotniejsze to torfowiska nakredowe, torfowiska alkaliczne, jeziora ramienicowe i zbiorowiska włosieniczników. Ostoja jest ważnym miejscem występowania zbiorowisk rzadkich i ginących na terenie Wielkopolski, m.in. odnotowano aż 12 gatunków chronionych torfowców, oraz obecność 5 gatunków zagrożonych ramienic, związanych z jeziorami i strefami podmokłymi torfowisk.

Największym bogactwem tego obszaru jest piękno przyrodnicze, które zachęca do odpoczynku na łonie natury. Możemy wybrać aktywną formę turystyki, począwszy od pieszych i rowerowych wycieczek, kończąc na turystyce kajakowej. Miała jest dostępna dla kajaków od wsi Hamrzysko, położonej 8 km poniżej źródeł rzeki. W górnym biegu łączy ze sobą 9 bardzo malowniczych, rynnowych jezior, w środkowym mija niewielkie wsie i porusza kilka młynów. Jest zatem szlakiem miejscami nieco trudnym i dość uciążliwym z uwagi na wspomniane młyny

Występujące typy siedlisk:

  • starorzecza i naturalne eutroficzne zbiorniki wodne
  • niżowe i górskie świeże łąki użytkowane ekstensywnie,
  • torfowiska przejściowe i trzęsawiska,
  • torfowiska nakredowe
  • lasy łęgowe i nadrzeczne zarośla wierzbowe,

Ważne dla Europy gatunki zwierząt: bóbr europejski, czerwończyk fioletek, czerwończyk nieparek, kumak nizinny, wydra, zalotka większa.

Obszar Natura 2000  Dolina Bukówki

Obszar położony jest w dolinie Bukówki, dopływu Drawy, około 6 km na północny zachód od centrum Wielenia. Zawiera dobrze zachowane łęgi i grądy, w tym grądy z bukiem i kwaśne buczyny na stromych fragmentach zboczy doliny. Na skrzydłach doliny są również fragmenty brzezin bagiennych i torfowiska. Dość obszerne bagienne szuwary są ostoją bezkręgowców. Znajduje się tu stanowisko poczwarówki zwężonej i bogata fauna ważek.

Występujące typy siedlisk:

  • starorzecza i naturalne eutroficzne zbiorniki wodne
  • naturalne, dystroficzne zbiorniki wodne,
  • torfowiska alkaliczne,
  • kwaśne buczyny
  • grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny,
  • bory i lasy bagienne i brzozowo-sosnowe bagienne lasy borealne
  • lasy łęgowe i nadrzeczne zarośla wierzbowe,
  • sosnowy bór chrobotkowy,

Ważne dla Europy gatunki zwierząt: poczwarówka zwężona, trzepla zielona, zalotka większa.

Obszar Natura 2000  Uroczyska Puszczy Drawskiej

Obszar obejmuje część dużego kompleksu leśnego, położonego na równinie sandrowej, w środkowym i dolnym biegu rzeki Drawy. W miejscach, gdzie teren jest pofałdowany, wzgórza osiągają wysokość do 121 m. Najcenniejszym przyrodniczo obszarem jest centralna część ostoi, położona w widłach rzek: Drawy i Płocicznej. Ich koryta i doliny zachowały charakter zbliżony do naturalnego. Obie rzeki meandrują, a doliny obramowane są wysokimi skarpami. Na wielu odcinkach rzeki płyną szybko ze względu na duży spadek terenu. Występują tu liczne jeziora (największym z nich jest Jezioro Ostrowieckie – 370 ha), zróżnicowane pod względem trofizmu wód: od dystroficznych przez mezotroficzne do eutroficznych. W lasach dominują drzewostany sosnowe, jednak duży jest udział buczyn i dąbrów, a niektóre ich płaty mają charakter zbliżony do naturalnego. Jest to jeden z ważniejszych obszarów w Polsce ponieważ uroczysko Radęcin w Drawieńskim Parku Narodowym i kwaśne buczyny na zboczach doliny Drawy są jednymi z nielicznych w Polsce fragmentami buczyn o zachowanej naturalnej dynamice!
Dobrze zachowały się cenne siedliska przyrodnicze. Występują tu także liczne populacje wielu rzadkich i zagrożonych gatunków – 25 z Załącznika II Dyrektywy Siedliskowej, m.in.: silne populacje: bobra, wydry, żółwia błotnego. Szczególnie bogata jest ichtiofauna, w tym reofilna fauna wodna, z zagrożonymi gatunkami, takimi jak: łosoś, minóg rzeczny, certa oraz stosunkowo liczne i trwałe populacje gatunków rzadkich w naszym kraju, jak: głowacz białopłetwy, pstrąg potokowy  i lipień.

Obszar Natura 2000  Lasy Puszczy nad Drawą

Obszar obejmuje większą część dużego kompleksu leśnego na równinie sandrowej, położonej w środkowym i dolnym biegu rzeki Drawy. W lasach dominują bory sosnowe z domieszką brzozy, dębu i topoli. Zostały one znacznie przekształcone w wyniku prowadzenia gospodarki leśnej na tym terenie przez kilkaset lat. Jednakże pewne fragmenty lasów np. zachowały swój naturalny charakter. W miejscach, gdzie teren jest pofalowany, wzgórza osiągają wysokość do 220 m. Najcenniejszym przyrodniczo obszarem jest centralna część ostoi, położona w widłach rzek: Drawy i Płocicznej. Są tu liczne jeziora (największym z nich jest J. Ostrowieckie – 370 ha). W rzeźbie terenu odznaczają się meandry obu rzek, obramowane wysokimi skarpami.
Charakterystyczną cechą tych rzek jest bystry prąd wywołany silnym spadkiem terenu. Ich koryta i doliny zachowały charakter zbliżony do naturalnego. Jeziora są zróżnicowane pod względem trofizmu wód, od dystroficznych przez mezotroficzne do eutroficznych.
Występuje co najmniej 27 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej,7 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi (PCK). Jedna z najważniejszych ostoi puchacza oraz kilku gatunków ptaków drapieżnych w Polsce. Ważne zimowisko łabędzia krzykliwego (do 150 ptaków). W okresie lęgowym obszar zasiedla powyżej 2% populacji krajowej (C6) bielika (PCK) i puchacza (PCK), co najmniej 1% populacji krajowej (C3 i C6) następujących gatunków ptaków: błotniak stawowy, bocian czarny, kania czarna (PCK), kania ruda (PCK), orlik krzykliwy (PCK), lelek, muchołówka mała, rybitwa czarna, rybołów (PCK), trzmielojad i gągoł; w stosunkowo wysokich zagęszczeniach (C7) występują: bąk (PCK), dzięcioł czarny, lerka, zimorodek i żuraw. Jesienią liczebność wędrujących żurawi przekracza 1% populacji szlaku wędrówkowego (C2); w wysokim zagęszczeniu zimą (C2) występuje łabędź krzykliwy (do 150 osobników).Bogata fauna, m.in. silne populacje: bobra, wydry, żółwia błotnego. Bogata ichtiofauna, a szczególnie reofilna fauna wodna z takimi zagrożonymi gatunkami jak: łosoś, minoga rzecznego, certy, oraz stosunkowo liczne, i trwałe populacje gatunków rzadkich w naszym kraju, jak: głowacz białopłetwy, strzebla potokowa, pstrąg potokowy i lipień.
Dobrze zachowane cenne zbiorowiska roślinne, bogate populacje wielu rzadkich i zagrożonych gatunków roślin.

Obszar Natura 2000  Puszcza Notecka

Ogromny obszar leśny (drugi pod względem wielkości w Polsce); ostoja rzadkich i zagrożonych gatunków roślin, ptaków i ssaków. Jest to jedyna w ostatnich latach, stała ostoja wilka w zachodniej Polsce. Występuje tu 9 gatunków storczyków. Obszar stanowi zwarty, jednolity kompleks leśny w międzyrzeczu Noteci i Warty, części pradoliny Eberswaldsko-Toruńskiej. Jest to równina akumulacyjna w znacznym stopniu przekształcona przez wiatry, które usypały tu, największy w Polsce, zespół wydm śródlądowych, o wysokości 20-30 m, a maksymalnie dochodzący do 98 m n.p.m. W środkowej części obszaru uformowały się wały o przebiegu południkowym, leżące w odległości 500-600 m od siebie. W części wschodniej wydmy mają kształt paraboliczny. Wydmy pokryte są monotonnym, jednowiekowym lasem, głównie sosnowym (92%), posadzonym tu po wielkiej klęsce w okresie międzywojennym, spowodowanej pojawieniem się szkodników owadzich. Pozostałości drzewostanów naturalnych są chronione w rezerwatach np. w rezerwacie Cegliniec. Na terenie ostoi znajduje się ponad 50, raczej płytkich jezior pochodzenia wytopiskowego, zwykle z grubą warstwą mułu i zakwitami glonów. W zagłębieniach terenu lub na brzegach jezior utrzymują się także torfowiska, na ogół w pewnym stopniu przekształcone. Występuje co najmniej 30 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 7 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi (PCK). W okresie lęgowym obszar zasiedla powyżej 2% populacji krajowej bielika, kani czarnej i kani rudej oraz co najmniej 1% populacji krajowej następujących gatunków ptaków: bąk, podgorzałka, puchacz, rybołów , trzmielojad, gągoł, nurogęś; w stosunkowo wysokiej liczebności występuje bocian czarny, błotniak stawowy, ortolan i żuraw. W okresie zimy występuje co najmniej 1% populacji szlaku wędrówkowego bielika.