Najważniejsze przyrodniczo obszary chroni europejska sieć Natura 2000. Jednym z obszarów tej sieci jest obszar o nazwie „Dolina Noteci” – obejmujący tereny ciągnące się wzdłuż rzeki Noteć, od Bydgoszczy po Wieleń. Na większości obszaru występują łąki i trzcinowiska, z niewielkimi fragmentami zakrzaczeń i zadrzewień ( Lipica, Dębina). Dolina pocięta jest siecią rowów i kanałów odwadniających, miejscami zachowały się starorzecza pozostałe po wyprostowaniu koryta rzeki w XIX w. Liczne są doły potorfowe wypełnione wodą ( torf służył w dawnych wiekach jako opał).
W Dolinie występują liczne specyficzne siedliska takie jak: starorzecza, zalewane muliste brzegi rzek, łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe oraz ciepłolubne dąbrowy. W Dolinie Noteci spotykamy liczne chronione gatunki ptaków, ryb, płazów. Do najciekawszych zaliczamy:
Batalion, bączek, bąk, bielik, błotniak
łąkowy, błotniak stawowy, bocian biały, boleń, bóbr europejski, czerwończyk fioletek,
derkacz, dubelt, dzięcioł czarny ,gąsiorek, gęś białoczelna, głowacz
białopłetwy, jarzębatka, kania czarna, kania ruda, kropiatka, kumak nizinny,
łabędź czarnodzioby ,orlik krzykliwy, ortolan, piskorz ,podróżniczek, rybitwa czarna,
świergotek polny, wydra, zielonka
zimorodek ,żuraw
