Duża część obszaru gminy Chodzież objęta jest różnymi formami ochrony przyrody. Najbardziej chroniona jest Dolina Noteci ze względu na swoje wielkie znaczenie korytarza ekologicznego ( trasy wędrówek zwierząt i ekspansji roślin) północnej Wielkopolski. Około 50 % powierzchni gminy ( północna i zachodnia część) znajduje się na Obszarze Chronionego Krajobrazu „ Dolina Noteci”
W Dolinie Noteci wyznaczono najwyższą obecnie ( poza parkiem narodowym) formę ochrony przyrody w Polsce – Obszar specjalnej Ochrony Ptaków (OSO) Natura 2000 Dolina Środkowej Noteci i Kanału Bydgoskiego
Najcenniejsze przyrodniczo są podmokłe łąki w bezpośrednim sąsiedztwie rzeki oraz zarastające starorzecza. Obszar ten o nazwie „Dolina Środkowej Noteci i Kanału Bydgoskiego” (PLB 300001) zajmuje powierzchnię 32408,6 ha, w tym w gminie Chodzież 4240,9 ha.
Inne obszary cenne przyrodniczo to :
- Zalewane muliste brzegi rzek
- Naturalne eutroficzne zbiorniki wodne
- Łęgi wierzbowe, topolowe, jesionowe, olszowe
Największym zagrożeniem dla funkcjonowania ekosystemów funkcjonujących w dolinie Noteci jest zmiana reżimu hydrologicznego samej rzeki. Innymi procesami mającymi negatywne oddziaływanie na ekosystemy doliny Noteci są: nawożenie łąk, proces sukcesji zarośli wierzbowych, a także osuszanie łąk, wycinka drzew i krzewów oraz eutrofizacja i zanieczyszczenie wód, zaniechanie lub zbyt duża intensyfikacja gospodarki stawowej.
W obrębie tego obszaru Natura 2000 znajdują się 2 ostoje ptaków o randze europejskiej: E37 (Stawy Ostrówek i Smogulec) i E38 (Stawy Ślesin i Występ).Występuje tu co najmniej 8 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi: w okresie lęgowym około 10% populacji krajowej podróżniczka; co najmniej 1% populacji krajowej bielika i kani czarnej; duża ilość kani rudej i błotniaka stawowego.
W okresie ptasich wędrówek co najmniej 1% populacji łabędzia czarnodziobego; duże ilości siewki złotej.
W gminie Chodzież szczególnie chronione są także:
- lasy wodochronne wokół obniżenia stawów oleśnickich
- lasy glebochronne na krawędzi wysoczyzny chodzieskiej , w rejonie Rataj i na wschód od Strzelec
- lasy uzdrowiskowe
- ostoje zwierząt w masywie Gontyńca
