W granicach gminy Trzcianka znajdują się trzy obszary europejskiej sieci NATURA 2000: obszar specjalnej ochrony ptaków Nadnoteckie Łęgi oraz dwa specjalne obszary ochrony siedlisk pod nazwą: Dolina Noteci i Ostoja Pilska
Nadnoteckie Łęgi. Obejmują część doliny Noteci między miejscowością Wieleń a ujściem Gwdy. Pokrywają go łąki zalewowe, torfowiska niskie, pośród których występują kanały i rowy odwadniające, niegdysiejsze koryta rzeczne oraz wypełnione wodą doły potorfowe. Część terenu jest porośnięta krzewami i drzewami. Łąki są intensywnie użytkowane. Jest to ostoja ptasia o randze europejskiej . W okresie lęgowym obszar zasiedla co najmniej 1% populacji krajowej podróżniczka i kulika wielkiego ; w stosunkowo wysokiej liczebności występują bąk , bocian biały, dziwonia i derkacz. W okresie wędrówkowym gęś zbożowa występuje w dużych koncentracjach osobników
Dolina Noteci. Obszar obejmuje fragment doliny Noteci między miejscowością Wieleń a Bydgoszczą. Obszar jest w dużej części zajęty przez torfowiska niskie, z fragmentami zalewowych łąk i trzcinowisk, z enklawami zakrzewień i zadrzewień. Na zboczach doliny znajdują się płaty muraw kserotermicznych. W okolicach Goraja, Pianówki i Góry oraz Ślesina występują kompleksy buczyn i dąbrów, w tym m. in. siedlisk przyrodniczych: ciepłolubnej dąbrowy i mieszanych lasów zboczowych. Teren przecinają kanały i rowy odwadniające. Liczne są starorzecza i wypełnione wodą doły potorfowe. Miejscami występują rozległe płaty łęgów. Łąki są intensywnie użytkowane. Obszar obejmuje bogatą mozaikę siedlisk, z priorytetowymi lasami łęgowymi i dobrze zachowanym kompleksami łąkowymi, choć łącznie zajmują one poniżej 20% powierzchni obszaru. Ostoja jest też ważnym korytarzem ekologicznym o randze międzynarodowej.
Ostoja Pilska. Ostoja Pilska chroni zespół najcenniejszych obszarów przyrodniczych położonych w północnej Wielkopolsce, niedaleko Piły, szczególnie bogatych w siedliska Natura 2000. Cechą ostoi Pilskiej jest duża zmienność typologiczna siedlisk hydrogenicznych, zwłaszcza jezior ramienicowych i dystroficznych i torfowisk (przejściowych i wysokich), siedlisk lasów łęgowych usytuowanych w dolinach strumieni oraz siedlisk towarzyszących dużej rzece nizinnej – Gwdzie. Całości dopełniają ubogie bory skupione głównie na obszarze śródlądowego pola wydmowego położonego na południowy zachód od Piły oraz nieco żyźniejsze typy lasów, w tym kwaśne dąbrowy i buczyny, także bory i lasy bagienne. Ostoja Pilska pod względem liczby typów siedlisk Natura 2000, stanowi jeden z bogatszych obszarów Wielkopolski i szerzej Zachodniej Polski. Licznie reprezentowane są rzadkie i zagrożone w skali regionu i kraju gatunki roślin, zwierząt i innych królestw świata żywego, w tym wiele podlegających ochronie prawnej oraz rzadkie i zagrożone wymarciem w regionie i kraju zbiorowiska roślinne. Ostoja Pilska składa się z dziewięciu obszarów usytuowanych wokół Piły: 1) Rynna Jezior Kuźnickich, 2) Rynna jezior Okoniowe – Płotki – Jeleniowe – Bagienne, 3) Łęgi i grądy nad Gwdą poniżej Dobrzycy, 4) Obszar pomiędzy Jeziorem Wapińskim i jeziorem Kleszczynek a Jeziorem Czarnym k. Jeziorek, 5) Rezerwat Torfowisko Kaczory oraz Jezioro Czarne k. Kaczor, 6) Meandry i starorzecza Gwdy poniżej Motylewa, 7) Obszar wydm śródlądowych i Jezioro Leśne (Stobieńskie), 8) Kwaśne dąbrowy Zawada – Koszyce. Na terenie gminy Trzcianka znajduje się znaczna część Meandrów i starorzecza Gwdy poniżej Motylewa. Obszar ten obejmuje silnie meandrujący odcinek Gwdy pomiędzy Motylewem a Ujściem, z licznymi, klasycznie wykształconymi starorzeczami, oraz siedliskami towarzyszącymi dużej nizinnej rzece – niżowymi, nadrzecznymi zbiorowiskami okrajkowymi oraz zwykle niewielkimi powierzchniowo siedliskami charakterystycznymi dla zalewanych mulistych brzegów. Obszar ten stanowi w dalszym ciągu ważne siedlisko cennych gatunków ryb reofilnych, choć w większości wykazujących obecnie znaczny regres populacji lub wręcz zanik występowania. Na uwagę zasługują zwłaszcza boleń (gatunek Natura 2000), brzana, świnka (prawdopodobnie już nie występuje), strzebla potokowa, jelec, kleń, jaź i kiełb. W Gwdzie spotkać także można rzadkiego i chronionego w Polsce małża – gałeczkę rzeczną.
Obszary chronionego krajobrazu.
Na terenie gminy Trzcianka znajdują się fragmenty dwóch obszarów chronionego krajobrazu: Dolina Noteci i Puszcza Drawska.
Część południowo-wschodnia gminy leży w zasięgu Obszaru Chronionego krajobrazu Dolina Noteci (dolina rzeki chroniona jest na przestrzeni od wschodniej granicy województwa wielkopolskiego do Wielenia. OChK Dolina Noteci (o powierzchni 72020 ha) leży na terenie Pradoliny Toruńsko – Eberswaldzkiej. W krajobrazie dominują łąki oraz pola z enklawami zakrzewień i zadrzewień, rzadziej lasy i jeziora. Okolice Goraja, Pianówki, Góry oraz Ślesina porastają buczyny i dąbrowy, w tym m. in. dąbrowy ciepłolubnej. Teren, poprzecinany jest kanałami i rowami odwadniającymi, pełen jest starorzeczy. Szczególne znaczenie mają Nadnoteckie Łęgi w dolnym biegu rzeki. To w większości torfowiska niskie i zalewowe łąki – łęgi. Region ten jest ważną ostoją ptaków wodno-błotnych – m.in. bąków, bocianów białych, błotniaków łąkowych, żurawi, ptaków siewkowatych, remiz, podróżniczków. Większość powierzchni OChK Dolina Noteci pokrywa się z obszarem Natura 2000 – Dolina Noteci.
Część północno-zachodnia gminy leży w zasięgu OChK Puszcza nad Drawą, wewnątrz którego znajduje się Drawieński Park Narodowy (już poza granicami gminy Trzcianka).
OChK Puszcza nad Drawą (o powierzchni 29210 ha) leży na pograniczu województw wielkopolskiego i zachodniopomorskiego, stanowiąc otulinę dla Drawieńskiego Parku Narodowego. Krajobraz obszaru tworzą rynny polodowcowe, dziś wypełnione głównie wodami jezior i rzek. Na obszarze tym dominują lasy sosnowe. Dąbrowy, liczące obecnie około 150 lat, porastają kilkaset hektarów w pobliżu Drawy, w nadleśnictwie Krzyż. Rośnie w nich także bardzo rzadko w Polsce występujące drzewo, objęte ścisłą ochroną gatunkową – jarząb brekinia. Na terenie obszaru spotkać też można lasy bukowe i grądowe. W lasach gnieżdżą się cenne gatunki ptaków – rybołowy, bieliki, orliki krzykliwe, kanie i puchacze, a na śródleśnych jeziorach – gągoły i tracze nurogęsi. Na terenach bagiennych spotkać można m.in. sowę błotną, zaś w okolice Tuczna zlatują wiosną i jesienią tysiące żurawi. Na terenie obszaru chronionego są też rezerwaty przyrody, w tym m.in. Mszary Tuczyńskie, Leśne Źródła, Stary Załom, znajdujące się poza obszarem gminy Trzcianka.
Miejscem występowania wartościowych roślin są także parki podworskie i pałacowe. Na terenie gminy Trzcianka znajduje się 5 obiektów tego typu wpisanych do rejestru zabytków. Za zabytki uznano parki podworskie w miejscowościach: Dłużewo, Niekursko, Rychlik oraz parki pałacowe w miejscowościach: Biała i Trzcianka.
W gminie Trzcianka proponuje się utworzenie dwóch rezerwatów przyrody:
- rezerwat faunistyczno-leśny w dolinie Bukówki: chroniący ostoję bobrów, oraz dawny staw młyński – Staw Rychlicki z otaczającym cennym drzewostanem,
- rezerwat przyrodniczo- krajobrazowy obejmujący fragment zbocza doliny Trzcinicy (na obszarze dawnej winnicy i parku podworskiego z małym ogrodem botanicznym).
